Открыт конкурс по секвенированию геномов долгожителей

Первый участник готовится к старту в соревновании, целью которого является расширение границ технологий секвенирования геномов. Фонд The X Prize Foundation в Плайа Виста (Калифорния, США) установил награду в 10 млн. долларов первой компании, которая за 30 дней секвенирует геномы ста долгожителей (в возрасте от 100 лет), затратив на каждый геном не более 1 тыс. долларов. Компания Ion Torrent, часть корпорации Life Technologies (США), полагает, что полупроводниковая технология секвенирования, участие которой в конкурсе уже заявлено, станет прорывом в этой области.

Конкурс Archon Genomics X Prize, который будет проведен в сентябре 2013 г., должен послужить стимулом для развития точности и снижения стоимости секвенирования генома (в настоящее время стоимость секвенирования 1 генома составляет 3-5 тыс. долларов). По словам Питера Диамандиса (Peter Diamandis), исполнительного директора X Prize Foundation, конкурс поможет определить стандарт для секвенирования геномов с целью диагностики и лечения пациентов.

Кроме того, конкурс даст возможность проверить утверждения, выдвинутые компаниями относительно их технологий.

«Я называю это сывороткой правды в области секвенирования геномов», - говорит знаток секвенирования Крэйг Вентер (Craig Venter), со-председатель конкурса.

Прием заявок открыт до мая 2013 г. Организаторы надеются, что нынешний конкурс окажется острее предыдущего. В предыдущем конкурсе, проведенном в 2006 г., было зарегистрировано несколько участников, но ни один их них не оказался близок к победе.

На этот раз фонд the X prize Foundation расширил временные рамки, дав участникам 30 дней (в отличие от 10 дней в предыдущий раз) и требует сфокусироваться на столетних долгожителях, которые могут нести аллели, способствующие долгожительству. Командой-победителем станет первая команда, прочитавшая все 100 геномов на 98%, допустив менее чем одну ошибку на миллион пар оснований, и определив, какие аллели появляются de novo на каждой паре хромосом. В случае если не будет очевидного победителя, награду получит наиболее успешная команда.

«Для меня будет сюрпризом, если одна из команд выполнит все требования», - говорит Кевин Дэйвис (Kevin Davies), главный редактор компании Bio-IT World и автор книги The $1000 Genome.

Представители компании Ion Torrent полагают, что заданные условия могут быть выполнены с помощью их технологии секвенирования, которая детектирует изменения в уровне рН каждый раз, как специфическое основание присоединяется к растущей цепи ДНК. Большинство технологий секвенирования основаны на излучении света в момент присоединяется основания, что требует больших затрат на оптическое оборудование.

Дэвис рассматривает компанию Oxford Nanopore Technologies (Оксфорд, Великобритания) как потенциального противника Ion Torrent. Ранее в этом году компания заявила, что в ближайшее время сможет секвенировать геном человека за 15 минут. Их технология заключается в том, что нить ДНК протягивается через биологическую пору, и последовательность нуклеотидов определяется путем измерения разницы в их электрической проводимости по мере прохождения нуклеотидов через пору. Но компания еще не объявила, намерена ли она принять участие в конкурсе. Представители компаний, предоставляющих услуги по секвенированию, таких как BGI в Шенчжене (Китай) и Complete Genomics в Маунтин Вью (Калифорния, США), также сообщают, что фирмы еще не решили вопрос об участии в конкурсе.

Клиффорд Райд (Clifford Reid), исполнительный директор Complete Genomics, обеспокоен тем, что оценка точности только что прочтенных геномов станет проблемой для судей.

«Технологии, участвующие в конкурсе, являются единственными для судейства в этом соревновании», - говорит он, надеясь, что организаторы смогут прийти к «разумному решению, которое удовлетворит всех».

Несмотря на то, что конкурс призван усилить технологическую мощь, главным вызовом, по мнению Вентера, станет не непосредственно секвенирование, а значение его результатов для биологии и медицины.

«Вопрос технологии секвенирования является тривиальной частью уравнения. Он необходим, но не достаточен», - заключает Вентер.

«Мне нужны Вы и ваша ДНК» (постер, призывающий доноров ДНК). (фото: X PRIZE Foundation)

Оригинальный текст: Monya Baker

По материалам NatureNews