ГК Алкор Био: ход разработки набора реагентов для диагностики коронавирусной инфекции SARS-CoV-2

03.08.20201600

Автор:
 Пензенцева Евгения

Руководитель группы лаборатории молекулярной диагностики ГК Алкор Био

При создании набора для определения копий вируса SARS-CoV-2 использовались не только открытые литературные денные, но и опыт компании по созданию диагностических ПЦР-систем и имеющиеся реагенты собственного производства. В первую очередь были изучены протоколы с последовательностями праймеров и зондов, предоставленные Center of Disease Control and Prevention, ВОЗ и прочие источники. Важно отметить, что авторы протоколов и статей рекомендуют не просто последовательности праймеров, а наборы регентов и ферменты, с которыми эти последовательности оптимально работают. Встал вопрос о выборе наиболее оптимальной стратегии разработок, мы могли пойти двумя разными путями. Один – это перебрать все доступные опубликованные ПЦР-системы, проверить их с реагентами собственного производства и надеяться, что что-нибудь сработает. Другой, по которому мы и пошли – дизайн собственных праймеров и зондов, наиболее оптимально работающих с реагентами, производимыми компанией.

В первую очередь необходимо было определиться с генами-мишенями, которые станут специфическими маркерами для поиска копий вируса. У Коронавирусов не так много генов, чтобы выбирать - около 10 транскриптов. Основными критериями для выбора были функциональное назначение и представленность в зараженных клетках. Мы сразу определились с двумя генами – RdRp (RNA depended RNA polymerase) и N (Nucleocapside), а ген ORF8 выбрали ещё и потому что он отличает SARS-CoV-2 от всех остальных родственных Коронавирусов. Это уникальный участок генома, мы не смогли пройти мимо.

Со временем появилось больше информации о том, как изменяется геном вируса. Любой его фрагмент может мутировать. Тогда система, использующая этот фрагмент в качестве мишени, потеряет свою чувствительность. Мы остановились на том, что в тест-системе должно быть не меньше двух мишеней, а лучше три.  Поэтому все три гена – RdRp, N и ORF8 оставили в работающем наборе «Интифика SARS-CoV-2».

Когда мишени определены, остается дело техники. На момент начала исследований в базе NCBI было доступно 1000 вариантов последовательностей генома вируса. Не все они полногеномные, примерно 10% содержали информацию об одном-двух генах. Однако, этой информации достаточно для подбора специфических праймеров и зондов.

В пределах выбранных мишеней, путем сравнения с геномами вирусов порядка Nidovirales определили участки, специфические для SARS-CoV-2. Дополнительно в исследование были включены последовательности патогенов, которые потенциально могут находиться в дыхательных путях человека, для исключения неспецифической амплификации и появления ложнположительных результатов.

Выбор внутреннего контроля в пользу эндогенного был обусловлен желанием предоставить исследователю полную уверенность в том, что в реакции содержатся нуклеиновые кислоты из собранного клинического материала, и достоверными являются не только положительные, но и отрицательные результаты. Внутренняя контрольная ПЦР-система нацелена на поиск человеческой РНК «домашнего хозяйства», которая должна присутствовать в качественном мазке. Если биоматериала недостаточно, то о каком исследовании может идти речь? Отправляемся на повторный сбор мазка!

Очень важно отметить, что появление коммерческого продукта было бы невозможно без отлаженных процессов наших лабораторий Олигосинтеза и Биохимии, и сотрудничества с научно-исследовательскими институтами, которые предоставили образцы РНК вируса для разработки экспериментального макета тест-системы. И в целом, благодаря высокому уроню развития биотехнологий, методам секвенирования, открытым базам данных и протоколов, а также тесному сотрудничеству представителей научной и коммерческой среды возможно такое быстрое реагирование в экстренной ситуации, какое мы наблюдали в последнее время.

https://alkorbiogroup.ru/novosti_gruppy_kompanij_alkor_bio/gk_alkor_bio_hod_razrabotki_nabora_reagentov_dlya_diagnostiki_koronavirusnoj_infekcii_sarscov2


Ваш комментарий:
Только зарегистрированные пользователи могут оставлять комментарии. Чтобы оставить комментарий, необходимо авторизоваться.
Вернуться к списку статей