Секвенирование стало в 100 раз быстрее
04.08.2005
2844
0
28440
Американская компания 454 Life Sciences http://www.454.com/ сообщила о разработанной ею технологии расшифровки геномов, которая позволяет устанавливать последовательность ДНК в 100 раз быстрее, чем это делалось до сих пор.
В основе предлагаемого и публикуемого в он-лайновой версии Nature (31 July, 2005) метода лежит так называемое пиросеквенирование. Это разработанная недавно Пэлом Найреном (Pal Nyren) и Мостафой Ронаги (Mostafa Ronaghi) из Королевского Технологического Института в Стокгольме (Royal Institute of Technology) стратегия выявления последовательности ДНК, которая использует каскад ферментативных реакций, приводящий к появлению светового сигнала при включении каждого следующего нуклеотида в одноцепочечную ДНК-матрицу.
Дело в том, что для секвенирования, т.е. расшифровки последовательности той или иной двойной ДНК-овой спирали ее нужно сначала разделить на отдельные цепочки. А потом возле отдельной нити как бы сама собой выстраивается соответствующая ей (или, как говорят генетики, комплементарная) цепочка, по ее составу и судят о последовательности «букв», т.е. оснований, входящих в анализируемую молекулу.
Сотрудничающий с компанией Life Sciences доктор Найрен предложил химический путь, при котором высвобождающийся пирофосфат превращается в пусковой механизм для проявления люциферазы – широко используемого в наглядной биохимии и биоинженерии фермента светлячков. По мере выстраивания новой нити ДНК с включением каждого азотистого основания высвобождается фосфорный остаток, который и запускает реакцию, сигнализирующую о достраивании нити на еще одну букву вспышкой света.
Эффективность такого подхода к расшифровке не отдельного куска ДНК, но целого генома продемонстрировали на примере бактерии Mycoplasma genitalium. Работа, на которую Клэр Фрэзер (Claire M.Fraser) из Института Геномных Исследований (The Institute for Genomic Research) в Мериленде 10 лет назад потратила полгода, сейчас была сделана за 4 часа, хотя и геном этот как таковой не велик. Точность расшифровки при этом составляет 99.99%.
«Ясно, что технология секвенирования, для того, чтобы отвечать требованиям персонализированной медицины, развиваясь, должна становиться миниатюрнее, быстрее и дешевле» - комментирует достижение коллег директор Национального Института Исследований Генома Человека (National Human Genome Research Institute) Фрэнсис Коллинз (Francis S.Collins).
«Подобно тому, как персональный компьютер открыл вычислительные возможности для широкой публики, эта работа распространит секвенирование на ряд областей и, в конце концов, займет место в кабинете врача» - говорит один из руководителей компании и главный автор публикации Джонатан Ротберг (Jonathan Rothberg).
Марина Аствацатурян, http://echo.msk.ru
В основе предлагаемого и публикуемого в он-лайновой версии Nature (31 July, 2005) метода лежит так называемое пиросеквенирование. Это разработанная недавно Пэлом Найреном (Pal Nyren) и Мостафой Ронаги (Mostafa Ronaghi) из Королевского Технологического Института в Стокгольме (Royal Institute of Technology) стратегия выявления последовательности ДНК, которая использует каскад ферментативных реакций, приводящий к появлению светового сигнала при включении каждого следующего нуклеотида в одноцепочечную ДНК-матрицу.
Дело в том, что для секвенирования, т.е. расшифровки последовательности той или иной двойной ДНК-овой спирали ее нужно сначала разделить на отдельные цепочки. А потом возле отдельной нити как бы сама собой выстраивается соответствующая ей (или, как говорят генетики, комплементарная) цепочка, по ее составу и судят о последовательности «букв», т.е. оснований, входящих в анализируемую молекулу.
Сотрудничающий с компанией Life Sciences доктор Найрен предложил химический путь, при котором высвобождающийся пирофосфат превращается в пусковой механизм для проявления люциферазы – широко используемого в наглядной биохимии и биоинженерии фермента светлячков. По мере выстраивания новой нити ДНК с включением каждого азотистого основания высвобождается фосфорный остаток, который и запускает реакцию, сигнализирующую о достраивании нити на еще одну букву вспышкой света.
Эффективность такого подхода к расшифровке не отдельного куска ДНК, но целого генома продемонстрировали на примере бактерии Mycoplasma genitalium. Работа, на которую Клэр Фрэзер (Claire M.Fraser) из Института Геномных Исследований (The Institute for Genomic Research) в Мериленде 10 лет назад потратила полгода, сейчас была сделана за 4 часа, хотя и геном этот как таковой не велик. Точность расшифровки при этом составляет 99.99%.
«Ясно, что технология секвенирования, для того, чтобы отвечать требованиям персонализированной медицины, развиваясь, должна становиться миниатюрнее, быстрее и дешевле» - комментирует достижение коллег директор Национального Института Исследований Генома Человека (National Human Genome Research Institute) Фрэнсис Коллинз (Francis S.Collins).
«Подобно тому, как персональный компьютер открыл вычислительные возможности для широкой публики, эта работа распространит секвенирование на ряд областей и, в конце концов, займет место в кабинете врача» - говорит один из руководителей компании и главный автор публикации Джонатан Ротберг (Jonathan Rothberg).
Марина Аствацатурян, http://echo.msk.ru
Ваш комментарий:
Только зарегистрированные пользователи могут оставлять комментарии. Чтобы оставить комментарий, необходимо авторизоваться.
Последние комментарии
